Los dos primeros clasificados de cada grupo avanzan a cuartos de final, enfrentándose entre ellos a partido único en casa del club con mejor campaña en la primera fase.

[2]​ Los dos equipos con peor puntaje en la tabla general descenderán al Campeonato Paulista Serie A2, la segunda categoría.

En base al reglamento, para determinar los participantes de cada grupo, se dividen a los dieciséis equipos en cuatro bombos.

El primer bombo está asignado para los cuatro clubes más grandes del estado: Corinthians, Palmeiras, Santos y São Paulo.

Nota: Água Santa, Inter de Limeira, Portuguesa y Santo André son los únicos equipos que pueden optar por los tres cupos para la Serie D 2025.