En las liguillas, el puntaje no regresó a cero; cada equipo empezó con el que hicieron en la fase regular.

Los campeones de ambos grupos clasificaron a la Copa Libertadores 2010 y disputaron el Título Nacional en dos play-offs.

El tercer equipo clasificado para la Copa Libertadores fue el que contó con mejor puntaje acumulado (sin contar a los campeones de cada grupo), mientras que los tres equipos subsiguientes obtuvieron un cupo para la Copa Sudamericana 2010.

[4]​ El mismo método fue utilizado para definir el descenso: los 2 equipos con peor puntaje acumulado descendieron a la Segunda División.

También se muestra el promedio de espectadores por partido y la recaudación bruta.