Primera Fase: Los 22 clubes juegan todos contra todos en una única ronda, los 8 primeros colocados clasifican a cuartos de final.

El posible tercer partido se disputa en casa del equipo que ha logrado el mejor rendimiento en la primera fase.

Para definir el descenso a la Série B, la CBF estableció una tabla ponderada con los puntos promedio obtenidos entre los torneos 1998 y 1999, según la fórmula

Pero una sanción a São Paulo por alineación indebida del jugador Sandro Hiroshi en los partidos contra Internacional y Botafogo (empate y triunfo paulista, respectivamente) originó que estos dos equipos recibieran los 3 puntos de dichos partidos, por lo que los coeficientes cambiaron a: lo cual terminó salvando a Botafogo, ocupando Gama su lugar y descendiendo junto a Botafogo de Ribeirão Preto, Juventude y Paraná a la Série B 2000.

Sin embargo, Gama no aceptó esta decisión y apeló a la justicia ordinaria.

Fue entonces que, para solucionar la paralización del torneo, el Clube dos 13 (que agrupa a los 13 equipos más poderosos de Brasil) decidió organizar el campeonato del año 2000, el cual fue llamado Copa João Havelange.