Fue fundado en 1885 y desapareció en 1994, cuando se fusionó con el Inverness Thistle para formar al Inverness Caledonian Thistle.

También ganaron la Rothmans Football Yearbook en la temporada 1981/82 y en la temporada siguiente ganaron la liga sin perder un solo juego, siendo uno de los únicos dos clubes en ganar la liga de manera invicta.

También clasificaron en varias ocasiones a la Copa de Escocia, un total de 19 veces,[1]​ incluyendo la temporada de 1991/92, en la que alcanzaron la cuarta ronda, donde fueron eliminados por el St.

En el año 1993, la Liga Premier de Escocia determinó que se iba a hacer una expansión y una reestructura a la liga, otorgando dos plazas más para la temporada 1994/95.

Uno de los equipos interesados en participar fue el Caledonian, así como sus rivales de ciudad Inverness Thistle FC; por lo que la Liga Premier de Escocia determinó que surgiría un equipo más fuerte si los dos clubes de Inverness se fusionaban, aunque los aficionados de ambos clubes no vieron con buenos ojos la idea, sobre todo los del Caledonian, pero la fusión se realizó y nació un nuevo club llamado Caledonian Thistle, el cual iniciaría en la Segunda División de Escocia para la temporada 1994/95.