Cuenta con 932 localidades activas dentro su territorio, su cabecera municipal y localidad más habitada es Ciudad Obregón, la segunda ciudad más grande del estado, mientras que tiene otros asentamientos importantes como Esperanza, Pueblo Yaqui, Cócorit, Marte R. Gómez, entre otras.

La cabecera municipal es Ciudad Obregón, lugar donde se encuentra la mayor parte de la población y la mayor actividad económica; además de contar con cinco comisarías ubicadas en Esperanza, Cócorit, Providencia, Pueblo Yaqui y Marte R. Gómez.

La mayor parte del municipio es plana, en el centro, sur y oeste se encuentra el Valle del Yaqui con 106 200 hectáreas de superficie agrícola, mientras que al norte se encuentra la zona serrana.

El municipio se localiza en la cuenca “B” del Río Yaqui de la región hidrológica número 9 siendo el mismo río el que abastece a la Presa Álvaro Obregón, cuyas aguas son utilizadas para actividades urbanas y agrícolas.

Una gran parte del territorio municipal está constituido por selva baja caducifolia, principalmente en la zona norte y estribaciones de la Sierra Madre Occidental.

Otra gran porción está constituida por matorral sarco-crasicuale tales como cirio, idria, cardón, copalquín, candelilla y agave.

Del total de los habitantes, 3259 personas mayores de 3 años (0.75% del total municipal) habla alguna lengua indígena; mientras que 4366 habitantes (1%) se consideran afromexicanos o afrodescendientes.

Otras localidades son: Morelos Dos, Kilómetro Nueve, Sonora Progresista, Nueva Casa de Teras, Díaz Ordaz, Guadalupe Victoria, Puente de Picos, Campo Veintiocho, Cumuripa, El Henequén, Calle Muerta, La Carabina, Centauro del Norte, Solidaridad, Benito Juárez, El Porvenir, La Ladrillera Canal Alto.

El gobierno del municipio es ejercido por el Ayuntamiento, que es electo por voto universal, directo y secreto para un periodo de tres años, que no podía ser reelegidos para el periodo inmediato pero sí de forma no continua, hasta la reforma constitucional y electoral del 2014 donde ya puede reelegirse, hasta por 3 periodos consecutivos.

El ayuntamiento lo conforman el presidente Municipal, el síndico y el cabildo formado por veinte regidores, doce electos por mayoría relativa y ocho por el principio de representación proporcional; todos entran a ejercer su cargo el día 16 de septiembre del año en que se llevó a cabo su elección.