Desapareció en 1864, tras lograr hundir un barco unionista, y su pecio fue reflotado en 2000, con los restos de su tripulación en el interior.
Aunque no todo fueron celebraciones para los confederados, ya que en el mismo combate el propio Hunley desapareció, supuestamente según informes contemporáneos tras comunicar la baja del USS Housatonic.
A continuación fue enviado a Charleston, donde fue asegurado en el Warren Lasch Conservation Center, en el antiguo Charleston Navy Yard, en un tanque de agua dulce específicamente diseñado para su conservación y consolidación hasta que pudiera exponerse nuevamente al aire.
La nave se exhibe en el Warren Lasch Conservation Center en Charleston, y una réplica en el Battleship Memorial Park en Mobile, Alabama.
La bala golpeó en la moneda que guardaba en el bolsillo, salvando su pierna y posiblemente su vida.
Era inusual que los tripulantes del Hunley permanecieran en sus puestos y así se sospechó otra teoría, lanzada en 2017.
En realidad, fallecieron casi en el acto en la propia explosión del torpedo, alcanzados por su onda de choque.