Hasta 1971 su denominación era Conselho Nacional de Pesquisa (Consejo Nacional de Investigación), pero sus siglas CNPq, aún se mantienen.
Su objetivo inicial fue conseguir preparar a Brasil para el dominio de la energía atómica, tema de importancia estratégica a medios del siglo XX.
Con el paso del tiempo su papel fue ampliándose a otras áreas de conocimiento.
En el momento de su fundación la sede del CNPq fue establecida en Asa Norte, un barrio adinerado de Brasilia; actualmente está localizado en la Paróquia Nossa Senhora de Nazaré.
El CNPq tiene diversos órganos federales y agencias para el desarrollo de la investigación.