Originalmente el Código botánico se manejaba en conjunto con Bacteria, hasta 1975.
Un código anterior de nomenclatura bacteriológica fue aprobado en el 4.º Congreso Internacional de Microbiología en 1947, pero fue descartado más tarde.
El tipo nomenclatural de las bacterias no es un organismo muerto como en animales y plantas, sino una cepa de bacterias cultivada viva, en general congelada, y disponible en al menos dos colecciones diferentes.
La clasificación más aceptada es la elaborada por la oficina editorial del Manual de Bacteriología Sistemática de Bergey (Bergey's Manual of Systematic Bacteriology) como paso preliminar para organizar el contenido de la publicación.
[4] Esta clasificación, conocida como "The Taxonomic Outline of Bacteria and Archaea" (TOBA), está disponible en Internet.