Debido a que Brygmophyseter fue publicado primero, Naganocetus se convierte en un sinónimo más moderno.

[1]​ Pudo haber empleado la ecolocalización para ubicar y desorientar a sus presas en aguas profundas, como presumiblemente lo hacen los cachalotes modernos.

[1]​ Brygmophyseter también poseía la inteligencia necesaria para trabajar en grupos sociales llamados pods, como las orcas modernas.

Como otros animales de la época, Brygmophyseter también encontraba seguridad al movilizarse en grupos, para potenciales adversarios.

Sólo un depredador conocido, era lo suficientemente poderoso para rivalizar con la supremacía de estos cetáceos, el megalodón.