Jugó de portero y su último equipo actual fue el Mamelodi Sundowns FC.
Brian Baloyi empezó su carrera futbolística jugando para varios equipos juveniles: Alexandra United, Longhorn FC y Balfour Park.
Con este equipo gana una Liga, una Copa de Sudáfrica y una Recopa Africana.
Fue el portero titular durante años, hasta que Rowen Fernández consiguió arrebatarle la titularidad.
Finalmente Brian Baloyi, que superó los 300 partidos disputados con este club, decidió marcharse para poder seguir teniendo oportunidades.