Antes de saltar a la Universidad de North Carolina, Brendan acudió al Dudley High School en Greensboro, Carolina del Norte, donde fue designado como Jugador del Año en el estado.

Debutó como freshman en la temporada 1997-98 pero su aportación fue mínima ya que en aquel equipo tan remozado aún no había sitio para él.

Compartió vestuario aquella temporada con Antawn Jamison, Vince Carter, Shammond Williams, Ed Cota, Ademola Okulaja y Makhtar N'Diaye (de quien Haywood era suplente).

North Carolina alcanzó la Final Four, celebrada en San Antonio, pero cayó en semifinales ante Utah.

Cayeron en 1.ª ronda ante la modesta Weber State pero Haywood empezó a dar muestras de lo que podía ser.

La 2000-01 empezaría con cambio de entrenador, el nuevo técnico sería Matt Doherty.

En la temporada 2002-03 se asentó como titular, disputando en esta condición 69 de los 81 partidos que jugó.

Pero tras este año se estancó y empezaron a decrecer sus números.

En 2005 pasó por, posiblemente, su mejor etapa como jugador en la NBA, tras firmar unos buenos playoffs en los que el equipo alcanzó las semifinales de conferencia, donde cayeron ante Miami Heat por 4-0.