Ivanković jugó toda su carrera, que duró 12 años, en el club de su ciudad natal, el NK Varaždin, también conocido como Varteks.

En toda su carrera, jugó 263 partidos y anotó 31 goles en su posición, centrocampista ofensivo.

Tras acabar su carrera, Ivanković primero fue secretario y luego entrenador del Varteks.

Fue segundo de Miroslav Blažević, quien llevó la selección croata hasta el tercer puesto en Francia '98.

Pero poco después fichó por Irán, comenzando otra etapa de su historia.

[10]​ Volvió después al Dinamo de Zagreb , club que entrenó hace siete años, pero debido a malos resultados, fue cesado tras cinco partidos.

[16]​ Con Ivanković, Omán logró una victoria histórica sobre Japón en la ronda final del Mundial 2022.

[20]​ Tiene un hermano, Zlatko, que es también entrenador, dirigió varios clubes de Oriente Medio.