Esa misma temporada fue galardonado con el premio Rookie del año de la NBA, promediando 16,8 puntos y 4 asistencias por partido.

Junto a Lebron James y Kobe Bryant, Brandon Roy lideró la liga en puntos anotados en últimos cuartos.

[4]​ Roy estuvo tratándose las rodillas durante toda la temporada en Seattle con una terapia de plasma que consiste en rescatar células del propio cuerpo, mezclarlas y reinyectarlas en la articulación, generando una gran mejoría en el estado físico del jugador.

[7]​ Sin embargo, tras jugar tan solo cinco partidos de la temporada regular, volvió a necesitar cirugía en la rodilla y acabó siendo cortado por los Timberwolves,[8]​ tras lo cual no volvió a jugar como profesional.

Al terminar su carrera como jugador, Roy se hizo entrenador del instituto Nathan Hale High School de Seattle en 2016.