Otra hipótesis expresa que el nombre proviene del jefe mongol Batus or Batu Khan, nieto de Genghis Khan, quien ocupara esta región durante el siglo XIII.
Estando ubicada en el cruce de varias rutas comerciales, inicialmente la ciudad actuó como villa mercantil y en el siglo XVI ya se le reconocía como sede la "feria más grande y más antigua de Moldavia".
Grandes comunidades de mercaderes judíos y armenios residieron en la ciudad a partir del siglo XVII.
Botoșani es la cuna del historiador Nicolae Iorga (1871-1940), y en la cercana aldea de Ipotești nació el poeta Mihai Eminescu (1850-1889).
Laurian", fundado en 1859 y considerado la más antigua institución de educación preuniversitaria en Rumanía.