Ese mismo año, el equipo descendió a la segunda división.

Oubiña lideró al equipo como titular indiscutible hasta el ascenso, así como al año siguiente, ya en primera, fue determinante para que el equipo alcanzara la sexta plaza y se clasificara para la Copa de la UEFA.

Así, Oubiña regresó a Vigo para continuar su recuperación e incorporarse al Celta de Vigo, club con el que aun tenía contrato.

La siguiente temporada, recupera su mejor versión y es uno de los jugadores claves del Celta para conseguir de nuevo el ascenso a Primera División para la temporada 2012/13.

En su vuelta a Primera Oubiña se ha vuelto a consolidar como el mediocentro titular del conjunto vigués, teniendo destacadas y numerosas participaciones.

Debido a sus lesiones y no cumplir con el nivel exigido para Primera División, Borja decide retirarse al término de la temporada 2014-2015, pasando a ser parte de la directiva del club.