En 1827, contrae tuberculosis, y luego se agravará con otra enfermedad pulmonar intratable.

Además se autoanaliza con sus síntomas específicos, y halla que el remedio para su afección era Pulsatilla.

En 1846 se publica su Therapeutische Taschenbuch (Libro de Bolsillo Terapéutico) siendo el primer repertorio homeopático para graduar individualmente los remedios (125 en número) de acuerdo a su potencia en relación con cada síntoma, y mantiene su uso hoy día.

De acuerdo a Winston (2001), el método nunca fue exhautivamente explicado por escrito por Boenninghausen, y fue mal interpretado más tarde por homeópatas como J.T. Kent, aunque recientes traducciones y revisiones han reavivado el interés en las hipótesis de Boenninghausen.

Y fue creciendo su clientela, viendo a algunos notables pacientes, uno de los primeros fue el poeta Annette von Droste-Hülshoff.