Durante sus primeros cinco años en la isla llevó adelante una administración exitosa y pujante.

Una visita que realizó a Francia en 1740 fue interrumpida por el comienzo de hostilidades con Gran Bretaña, y La Bourdonnais fue designado para comandar la flota en aguas del Océano Índico.

La Bourdonnais auxilió al General Dupleix en Pondicherry, venció a Edward Peyton, y en 1746 participó en el asedio de Madras.

Discutió con Dupleix sobre la forma en que se llevaban adelante los asuntos en la India, y su enojo aumentó cuando al regresar a Île de France, descubre que Dupleix había designado a un reemplazante en el cargo de gobernador.

El gobierno francés le otorgó a su viuda una pensión de 2400 libras.