En 1984 se convirtió en catedrático con un trabajo sobre los "Pfaffenkriege" (guerras de los curas) en el área de influencia de la Hansa en el Alto Medioevo.
Posteriormente sería docente en Münster y de 1992 a 1996 profesor en la Ruhr-Universität Bochum.
En total, Hergemöller ha publicado unos trescientos libros y artículos.
Sus principales investigaciones se encuentran en el área de la historia social urbana, bajo la óptica de los grupos marginales.
Además, Hergemöller ha traducido incontables fuentes para el estudio de la historia de la homosexualidad masculina en las ciudades medievales (Colonia, Münster, Venecia, Augsburgo, Basilea, etc.).