Sus órdenes se vieron empañadas por tratos financieros y logísticos a través de las líneas enemigas, algunos de los cuales probablemente tuvieron lugar con su conocimiento y en su beneficio financiero.

Butler regresó entonces a Massachusetts,[2]​ donde advirtió al gobernador John Albion Andrew que las hostilidades eran probables y que la milicia estatal debía estar preparada.

Aprovechó la movilización para conseguir un contrato con el Estado para que su molino suministrara telas a la milicia.

La primera vez que ofreció sus servicios al Gobernador Andrew fue en marzo de 1861[3]​ Cuando finalmente llegó el llamado a la milicia en abril, a Massachusetts sólo se le pidieron tres regimientos, pero Butler logró que la petición se ampliara para incluir a un general de brigada.

Telegrafió al Secretario de Guerra Simon Cameron, a quien conocía, sugiriendo que Cameron emitiera una solicitud para un brigadier y personal general de Massachusetts, que poco después apareció en el escritorio del Gobernador Andrew.

A continuación, utilizó los contactos bancarios para asegurarse de que los préstamos que se necesitarían para financiar las operaciones de la milicia estuvieran condicionados a su nombramiento.

Por ello, a finales de 1862, Butler tuvo que dejar Nueva Orleans.

En 1864 Butler recibió la misión de atacar Richmond y Petersburg con el ejército del James.

Las disputas con los políticos republicanos lo llevaron a que se le negaran varias nominaciones para la gobernación entre 1858 y 1880.

Volviendo al redil demócrata, ganó el gobierno en las elecciones de 1882 con el apoyo del Partido Demócrata y del Partido de los Billetes Verdes.