Su rendimiento no fue muy bueno en el stoke y por lo tanto fue liberado al final de la temporada 2013-14.
El 30 de agosto, Heneghan fue inicialista para Chester, contra Gateshead en reemplazo del capitán Matty Brown.
El 24 de septiembre, Heneghan anotó su primer gol como profesional, en el minuto 94 contra Wrexham en el derby transfronterizo.
Heneghan cambió a su posición central la cual es su preferida en enero, cuando Chester finalmente firmó con Ryan Higgins.
El defensor pasó un año en Escocia, jugando exactamente 50 partidos en todas las competiciones, anotando un gol en la derrota en casa por 2-1 en la Premier League escocesa contra los Rangers.