A pesar de que el Territorio del Norte ha existido desde 1911, tan sólo posee autogobierno desde 1978.
La bandera fue diseñada por Robert Ingpen, un artista de Drysdale (Victoria).
Dado que nunca había sido una colonia, la bandera, contrariamente a la de otros estados australianos, no es un Pabellón Azul.
En el centro del lado derecho aparece una representación estilizada de la Gossypium sturtianum con siete pétalos de color blanco y el centro negro con siete puntas (en realidad la flor tiene color lila con el centro rojo).
Los siete pétalos representan los seis estados y el pétalo restante a los territorios de la Mancomunidad de Australia.