La bandera de la Nación Chiquitana y Guaraya apareció a principios del año 2000 en las marchas reinvindicatorias de los indígenas de las regiones de la Chiquitania y Guarayos, para el reconocimiento de sus derechos a la tierra y a la cultura.

[1]​[2]​ No obstante no es reconocida por el Estado Boliviano, que adoptó como símbolo nacional a la wiphala; ni por la Gobernación de Santa Cruz, la cual adoptó como símbolo a la bandera de la flor de patujú.

[3]​ Esta bandera está dividida en cuatro campos, dos verdes y dos rojos, opuestos diagonalmente, con una gruesa cruz amarilla en el medio, cubriendo parte de los cuatro, y con 6 estrellas blancas que representan las cinco provincias de Chiquitanía y una de Guaraya.

Se considera que en tiempos de paz, la bandera chiquitana tiene la cruz del medio de color azul, pero en tiempos de guerra, la cruz tiene color amarillo.

[4]​ En 2006, la Organización Indígena Chiquitana (OICH) reclamó la creación del XIX departamento, junto al departamento "Chaco" en Bolivia.