El 8 de marzo de 1948, la alcaldía de San Juan adoptó oficialmente como la primera bandera de la ciudad un campo de color naranja, en el centro de la cual es el Escudo de Armas de la Ciudad.
El color naranja se basa y toma del presbítero Diego de Torres Vargas el texto dice: Parece que el color se cambió de naranja a blanco en algún momento.
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