La bandera fue adoptada oficialmente el de 2019 bajo el mando de Marcos Alberto Covarrubias Villaseñor, lo cual quedó estipulado en la Ley del Escudo, la Bandera y el Himno de Baja California Sur.

[1]​ La primera aparición de una bandera, fue cuando William Walker realizó su primera acción en la localidad de La Paz en Baja California, donde alzó una bandera que representaba el Territorio de Baja California.

Allí proclamó, el 3 de noviembre de 1853, que la Baja California era libre, soberana e independiente.

Después de una victoria sobre un pequeño contingente mexicano, la opinión a favor hacia la expedición creció en Estados Unidos.

La primera bandera del estado de Baja California Sur fue adoptada oficialmente en 2019, es un pendón blanco con el escudo de la entidad.