El Banco fue diseñado para soportar catástrofes sísmicas y de operación, contando con equipos duplicados de conservación y generadores eléctricos.Desde el 2001, el Banco Base de Semillas forma parte de un proyecto impulsado por el Royal Botanic Gardens Kew del Reino Unido con el aporte del INIA.Las semillas que pasan a formar parte de la colección del banco son recolectadas desde su ubicación original de acuerdo a un protocolo que permite obtener muestras representativas de la diversidad genética y disminuir a su mínima expresión el impacto en las poblaciones vegetales.Las semillas así recolectadas son limpiadas, secadas y mantenidas a bajas temperatura, en el caso del Banco Base de Semillas, son conservadas a -18 °C y a un 15% de Humedad Relativa.Actualmente la colección consiste especialmente en especies de cereales, forrajeras, frutales, tubérculos, hortalizas, leguminosas, medicinales, oleaginosas y especies silvestres.
