El Mohamady es producto de las categorías juveniles del Ismaily, club con el cual debutó profesionalmente en la temporada 2014-15, concretamente el 7 de noviembre de 2015, jugando un minuto en la derrota por 2-0 ante Haras El-Hodood, tras sustituir a Shawky El Said.
Tuvo un breve paso por el Zamalek, sin llegar a debutar con el equipo principal, regresando a Ismaily para la campaña 2016-17, la cual sería su primera temporada regular.
Adaptado como lateral derecho durante la liga egipcia, convirtió su primer gol el 12 de octubre de 2016 en el empate 2-2 ante El Dakhleya.
Desde entonces se ganó el titularato con su club, jugando tanto de lateral como central durante la temporada 2018-19.
Desde entonces fue considerado por el técnico Javier Aguirre en sus convocatorias habituales.