La bahía comprende una gran laguna costera y forma tan solo una parte de una gran laguna dividida en dos porciones, siendo la parte conocida como San Quintín solo la parte este, ya que la oeste se conforma por la denominada Bahía Falsa, donde se encuentran granjas de ostiones que ofrece visitas en lancha, al igual que restaurantes a la orilla de la bahía.
Una gran parte de esta está destinada para su conservación en la Reserva Natural San Quintín, sin embargo hay zonas que es muy sencillo su acceso para visitar, zonas como Bahía Falsa y La Chorera.
Se tenía noticia de la bahía ya desde las primeras expediciones llevadas a cabo por los españoles en la península, cuando todavía se pensaba que Baja California era una gran isla separada del resto del continente.
El nombre con el que se le conocía al lugar era Puerto de la Posesión.
La colonización del lugar se llevó a cabo hacia 1861, recibiendo a un gran número de extranjeros de origen alemán en inglés, quienes se asentaron en los terrenos cercanos a la laguna y en el poblado de San Quintín, cuando se decidió abrir este lugar como puerto.