La misma se encuentra sobre la costa del Océano Pacífico en Baja California Sur.

La bahía de Almejas se encuentra a 25 km al sur de la bahía de Magdalena, estando ambas bahías separadas por el canal de Marcy sobre el cual se encuentra Puerto Alcatraz.

En el extremo sur de la bahía se encuentra la isla de Creciente, y el canal de Rehúsa, que comunica la bahía con el océano Pacífico.

[3]​[4]​ Siendo esta una de las zonas más importantes para la pesca ribereña e industrial.

La pesca ribereña se concentra en la captura de almejas, camarón azul y camarón café, jaiba, lenguado, lisa, botete, corvinas y mero.