El SK Austria Klagenfurt fue fundado el 19 de enero de 2007, pero no estuvo activo hasta 2010, para muchos aficionados es el sucesor del club fundado en 1920, luego renombrado FC Kärnten en 1999.

En 2015, el club ascendió a la segunda división austriaca al ganar la Regionalliga Mitte una de las tres zonas que componen la Liga Regional de Austria.

La temporada 2016 a pesar de un octavo lugar en la liga, el club desciende porque se le niega la licencia.

En la temporada 2020-21, el club finalmente pudo alcanzar la promoción a la Bundesliga al terminar en la tercera posición de la 2.

[1]​ El club disputa sus partidos en casa en el Wörthersee Stadion, estadio construido en 2007 con miras a ser una de las sedes de la Eurocopa 2008, torneo realizado en conjunto entre Austria y Suiza, el recinto cuenta con una capacidad para 32.000 espectadores.