Las armas también pueden ser modificadas para añadirles diferentes ataques especiales o simples mejoras en las estadísticas de estas (daño, cadencia, retroceso, velocidad, etc.).

Sechenov también desarrolla un dispositivo llamado “Pensamiento” para integrar Polímero en el cuerpo humano, permitiéndole conectar con los robots y darles órdenes sin conocimientos previos sobre robótica gracias a una interfaz neuronal remota como parte de un Kollektiv 2.0 mejorado.

Ahí es donde entra en juego el Mayor Sergey Nechaev, un agente especial enviado a la instalación con el objetivo de solucionar la avería.

El protagonista principal es un agente mentalmente inestable en asignaciones especiales llamado Mayor Sergey Nechaev, nombre en clave: "P-3", enviado por Sechenov para evitar que la situación en la instalación 3826 se deteriore y pase a ser un escándalo internacional.

P-3 enfrenta el desafío de combatir robots que se volvieron locos contra sus amos, experimentos biomecánicos fallidos y su propio estado mental en constante deterioro.

El juego tiene 2 finales que funcionan como el punto donde se dividirá la historia en 2 líneas temporales, no son considerados ni buenos o malos por los desarrolladores.

[10]​ Se tiene planeado lanzar 4 DLCs que continuaran la historia del juego principal, así como añadir nuevas armas, enemigos y jefes.

[11]​ Atomic Heart 2 ha sido confirmado por los desarrolladores en varias ocasiones, siendo 2021 la primera vez que se habló del futuro proyecto.