Fue fundado en 1980 y jugó en la Liga de Ascenso de Honduras.

Un día 30 de mayo de 1982 se celebró la primera sesión de la junta directiva del club, siendo en ese entonces presidente del club el señor José Elías Orellana.

En la liga local de la Liga Mayor de Fútbol de Honduras, Municipal de Santa Cruz es el equipo con más títulos obtenidos (20).

Estando en dicha categoría, el Municipal ha logrado ser subcampeón en dos ocasiones (Apertura 2011 y Apertura 2012), ambas de la mano del director técnico Wilmer Cruz.

El 4 de julio de 2018, vende su categoría al Santos FC de Siguatepeque, debido a los problemas económicos que el equipo había arrastrado en los últimos años, de hecho, en el último torneo el club sobrevivió a puro milagro de Dios y con el cariño de los jugadores.