Fue fundado en 1996 y jugó en la Categoría Primera B desde su fundación hasta el año 1999.

Atlético Córdoba fue el primer equipo del departamento homónimo que incursionó en el fútbol rentado.

[1]​ Su inicio y mejor campaña en el fútbol profesional ocurre en la temporada 1996-97 tras adquirir la ficha de Cartago F. C. Logró clasificar al cuadrangular final donde quedó en el último lugar.

[2]​ En los años siguientes no consiguió clasificar y tuvo que esperar hasta la temporada 1999 donde llegó a instancias de cuadrangulares semifinales.

[3]​ Un año después desapareció y dio paso a Unión Soacha que posteriormente se convertiría en Pumas de Casanare y luego en el actual Real Santander.