Fue creado en 2002, tras la unión con el Leioa EFT, club fundado en 2000 que militaba en la Superliga, máxima categoría la liga femenina española.
Tras esto, el título de la Superliga fue festejado con un paseo en camión por todo Bilbao.
Las celebraciones fueron las mismas para los 3 títulos, jugando los últimos partidos de liga en San Mamés.
Para la temporada siguiente Iñigo Juaristi retornó al banquillo del Athletic Femenino y con él, la consecución de una nueva Superliga.
A partir de la temporada 2007/08 el Athletic pasó a la sombra del Levante UD y el Rayo Vallecano, dos equipos que despuntaron de tal forma que al finalizar la liga superaron por casi 20 puntos de diferencia al 3º clasificado que era el Athletic.
[4] Desde entonces, el club no se ha hecho con más títulos, pero siempre ha clasificado en la zona noble de la tabla.
Quedando segundo de grupo, el Athletic no pudo pasar a la siguiente ronda.
En la temporada 2004/05 el Athletic quedó campeón del grupo 7 de la 1.ª ronda preliminar, tras ganar 10-3 al Crusaders Newtownabbey Strikers, 0-5 al Clujana Cluj-Napoca, y empatando 1-1 contra el Maccabi Holon.