La trama está ambientada en una historia ficticia de eventos del mundo real, que tiene lugar principalmente durante la Tercera cruzada en Tierra Santa en 1191.

Ambas facciones luchan por poderosos artefactos de misteriosos orígenes conocidos como Piezas del Edén para obtener una ventaja sobre la otra.

Si bien la mayor parte del juego tiene lugar dentro de una simulación basada en los recuerdos de Altaïr, el jugador ocasionalmente se verá obligado a salir del Animus para jugar como Desmond en la actualidad.

El juego dio lugar a dos spin-offs: Assassin's Creed: Altaïr's Chronicles (2008) y Assassin's Creed: Bloodlines (2009), que excluyen el aspecto moderno y se centran por completo en Altaïr.

La secuela continúa la narrativa moderna siguiendo a Desmond, pero introduce una nueva historia ambientada durante el Renacimiento Italiano a finales del siglo XV y el nuevo protagonista, Ezio Auditore da Firenze.

En este punto, Desmond es sacado del Animus, ya que sirvió para su propósito.

Él llega al saber que Abstergo es una fachada para los templarios de hoy en día.

Además, el jugador puede tomar parte en cualquier número de objetivos secundarios en estos entornos abiertos del mundo, incluyendo escalar altas torres para trazar la ciudad, y salvar a los ciudadanos que están siendo amenazados o acosados por los guardias de la ciudad.

Una vez que la zona esté en alerta máxima, las multitudes corren y se dispersan, mientras que los guardias intentan perseguir y derribar a Altaïr; para reducir el nivel de alerta, el jugador debe controlar a Altaïr para romper la línea de visión de los guardias y luego encontrar un lugar para ocultarse, tal como un pajar o jardines en las azoteas, o mezclarse con los ciudadanos que están sentados en las bancas o entre monjes que vayan caminando cerca.

Debido a que las memorias de Altaïr son "renderizadas" por la computadora del Animus, el jugador puede experimentar "problemas técnicos" en la representación del mundo histórico, lo que puede ayudar al jugador para identificar objetivos, o pueden ser utilizadas para alterar el punto de vista durante las secuencias programadas del juego y cuando el jugador debe reaccionar lo suficientemente rápido cuando aparecen.

El 28 de septiembre de 2006, en una entrevista con IGN, la productora Jade Raymond confirmó que Altaïr era "un asesino a sueldo medieval con un pasado misterioso", y que él no era un viajero del tiempo.

Según la entrevista, la trama se centraría en memoria genética y una corporación que busca descendientes de un asesino.

[3]​ Raymond también declaró en una entrevista que el juego se inspira en la novela Alamut de Vladimir Bartol.

Jade Raymond, productora de Assassin's Creed dijo "Para Assassin's Creed queríamos no solo que se captara la atmósfera macabra de la guerra medieval, sino también ser vanguardista y contemporáneo".

Las pistas lanzadas en general tienen coro latín arcaico y música orquestal oscura, mientras que la pista "Meditation Begins" cuenta con una especie de Saltarello con un matiz muy lúgubre, oscura, con un ambiente de hombres susurrando en latín.

El ambiente en estos temas es por lo que Jesper Kyd es conocida y eficaz in situ.

Otras canciones que se utilizaron en las previews y trailers tal como "Teardrop" de Massive Attack y "Lonely Soul" de UNKLE tampoco están presentes en la banda sonora.

[23]​ En The Hotlist en ESPNEWS, Aaron Boulding llama el concepto del videojuego de sigilo social "bastante original" y agregó: "Visualmente, los desarrolladores lo lograron".

"Assassin's Creed es uno de esos juegos que abre nuevos horizontes, aún falla en lograr algunos fundamentales", dijo Gametrailers.

[26]​ Darren Wells en Hyper elogia el juego por su "gran historia, grandes gráficos y controles intuitivos".

Sin embargo, critica por "algunas misiones que no se sienten bien en el PC y su sistema de menús repetitivo".