Juega en la Categoría Primera A del fútbol profesional colombiano y disputa los encuentros como local en el Estadio Departamental Libertad, con capacidad para 20.000 espectadores.

Cooperamos Tolima, campeón del torneo de la Categoría Primera C, paso directamente y entre Once Caldas B, La Equidad y Deportivo Pasto, se decidió el cupo restante que fue finalmente asignado al equipo nariñense.

El 22 de septiembre del mismo año, y ante Cooperamos Tolima, Pasto debutó en casa con una victoria por 2 goles a 1.

Ese mismo año logró entrar al cuadrangular final, pero terminó en el último lugar detrás de Deportivo Unicosta, Lanceros Boyacá y Atlético Córdoba.

[11]​ En 1998, se jugó la segunda temporada en la Categoría Primera B. Eudoro Dueñas en la presidencia y Félix Valverde Quiñónez como nuevo técnico en reemplazo de Carlos Valencia.

Pero Aquivaldo Mosquera (36) y Elkin Calle (46), sentenciaron la eliminación pastusa de su primer torneo internacional.

[43]​ Alineación: Luego de ser campeón del Torneo Apertura 2006, Deportivo Pasto logró acceder a la Copa Libertadores 2007,[44]​ siendo la primera participación en este certamen.

Continuo, Bernardo Redín como técnico e Iván Erazo tomo su papel como presidente del equipo tras la renuncia de Norman Bracht, que estuvo pocos meses en el cargo.

Llegaron entre otros, Julián Mesa, Alex del Castillo, Omar Rodríguez, Hugo Pablo Centurión y Carlos Daniel Hidalgo como refuerzos.

Pero el camino parecía estar escrito y no tener salida, una mano oscura estaba rondando, los malos arbitrajes empezaron a hacer mella en los resultados del equipo, en la fecha 13, enfrentando al Atlético Huila, el juez, Oscar Gutiérrez, pito un penal inexistente a favor de los visitantes comenzando el juego y al final solo se pudo rescatar un empate.

[66]​[67]​ Para la nueva etapa en segunda división,[68]​ Iván Erazo ficha como técnico a Hernán Darío Herrera, en reemplazo de Jorge Luis Bernal, que se había marchado al Deportivo Cali.

[69]​ Bernal retorna al equipo y con él, su cuerpo técnico encabezado por Flabio Torres, el equipo empieza a repuntar, aunque las lesiones, le obligaron a utilizar en varias fechas al portero Diego Martínez como delantero.

[82]​[83]​ En ambiente en la ciudad fue negativo después de la derrota, y la gente se alejó del estadio.

Pese a no ganar como visitante, tampoco perdía y la racha en su casa se ampliaba aún más.

[85]​ Los emparejamientos de octavos le dejarían con el rival más difícil, la Universidad Autónoma del profesor Miguel Ángel Converti.

Luego en semifinales frente al Expreso Rojo definió la serie en casa con un contundente 5-1,[87]​ clasificando a la final del segundo Torneo frente a Centauros de Popayán antes conocido como Centauros Villavicencio y en ese momento ya conocido como Universitario de Popayán para el próximo año 2012 por Coldeportes.

En Pasto, se desató la euforia entre los aficionados que vieron al Súper Depor de nuevo en la élite del fútbol colombiano.

En este nuevo año para Deportivo Pasto empezaba con la salida de varios jugadores la mayoría al Once Caldas como: Edwards Jiménez, Omar Andrés Rodríguez, José Fernando Cuadrado, Gilberto 'Alcatraz' García, el excapitán del equipo Carlos Giraldo y otros que se fueron a diversos equipos como: Ayron Del Valle, Marino García, Wilmer Parra, Joselito Vaca, Óscar Iván Méndez, Jaime Córdoba, José Alexis Márquez, y los canteranos que fueron a equipos forasteros como el caso de Kévin Rendón que fue fichado por Club Estudiantes de La Plata de Argentina y Juan José Narváez que fue comprado por las divisiones menores del Real Madrid el Real Madrid Castilla Club de Fútbol.

Con la permanencia de Flabio Torres en el equipo había que reestructurarlo con jugadores de experiencia ya que los jugadores que se fueron eran pieza clave por lo cual el primer gran fichaje en el Deportivo Pasto fue el portero David Gonzáles que venía de jugar en Inglaterra sin embargo en un partido amistoso de pretemporada contra Universidad César Vallejo sufrió una lesión muy grave que lo alejó de las canchas durante todo el Primer Semestre por lo que se contrató a otro buen arquero como lo es el uruguayo Lucero Álvarez las demás contrataciones fueron: Mario Efraín Gómez, mediocampista; Juan Guillermo Vélez, delantero; Óscar Ramos como portero Suplente, Anthony Tapia, mediocampista; Ever Quiñones, mediocampista; Marlon Piedrahíta, defensa; Luis Eduardo Lora volvía al equipo como defensa; Frank Pacheco, mediocampista, John Jairo Palacios, delantero; Camilo Pérez, defensa; Osneider Álvarez, mediocampista; Humberto Marquínez, mediocampista; la gran contratación Luis Páez, delantero; Álvaro José Barros delantero y por último Fabri Castro, defensa para reforzar la nómina en 2013 del Primer Semestre.

De ahí en adelante empató los 4 partidos siguientes hasta la fecha 14 en donde se impuso por 2-1 en el Libertad frente al Cúcuta Deportivo con lo que llagaba a 24 unidades, luego en la fecha 15 donde sí ganaba se clasificaba anticipadamente se dio una goleada histórica para Deportivo Pasto perdiendo por 6-1 en el Estadio Guillermo Plazas Alcid de Neiva frente al Atlético Huila, de ahí la clasificación a los Cuadrangulares Finales iba a llegar en la última fecha cuando recibió la visita de Itagüí Ditaires cuando empató 1-1 en un partido bastante sufrido hasta el final con lo que se clasificaba como 8 con 26 puntos.

La temporada la iniciaría con un 1-0 a favor en el estadio Libertad frente a Deportes Quindío de ahí en adelante hasta la fecha 4 fueron empates uno de ellos con Patriotas Boyacá con nómina suplente ya que la titular estaba concentrado en el juego de Copa Sudamericana, en la fecha 4 saldría victorioso en Barranquilla ganándole al Junior de Barranquilla por 0-1 de ahí en adelante tuvo que aplazar varios partidos como Deportes Tolima por la fecha 5 y con La Equidad por la fecha 7 perdió contra Millonarios por goleada 4-0 pero Deportivo Pasto estaba con nómina alterna de ahí en adelante tuvo una regular campaña ya que no perdía pero empataba fecha tras fecha y estaba quedando fuera de los 8 mejores ya que el equipo estaba concentrado en la Copa Sudamericana, los empates cesaron en la fecha 12 cuando recibía en el Libertad al Boyacá Chicó con un marcador 4-3 donde los sureños volvían a sonreír luego vendría una seguidilla de triunfos con Alianza Petrolera por 2-1 en el Estadio Libertad por la fecha 13, luego con Cúcuta Deportivo en Cúcuta por 1-2 por la fecha 14 y en una fecha aplazada (fecha 7) con La Equidad en la ciudad de Pasto por marcador de 4-1 con lo que lo dejaría a Deportivo Pasto 2 (colíder) detrás de Atlético Nacional en el campeonato con 25 puntos, ahí terminaron las victorias del Deportivo Pasto ya que en la fecha 15 enfrentando al Atlético Huila en el Libertad ganando se clasificaba anticipadamente con 28 puntos pero el partido se empató dejando a Deportivo Pasto con 26 puntos siguiendo en la segunda posición luego vendría un partido para el olvido en la fecha 16 con Santa Fe que perdió por 2-0 con autogoles del defensa del Deportivo Pasto Wilson Galeano, después vendría la fecha 17 con Atlético Nacional el líder ya clasificado a Cuadrangulares en un partido en el que hubo dos goles, uno para cada equipo, y sucedieron en el minuto 90 uno en seguida del otro mientras Deportivo Pasto celebraba Nacional empataba el partido 1-1 con lo cual dejaría a Deportivo Pasto con 27 puntos muy cerca de la clasificación, en la última fecha Deportivo Pasto perdió frente a Itagüí Ditaires sin embargo se clasificó como 7 con 27 puntos.

En los cuadrangulares semifinales Deportivo Pasto empezaría con una inmerecida derrota 3-2 frente al Deportivo Cali en esa semana posterior Deportivo Pasto despidió a 4 jugadores fundamentales en el equipo por no presentarse a los entrenamientos ya que estos jugadores estaban protestando porque no les habían pagado 1 mes de sueldo los jugadores que salieron de la institución fueron: Julián Lalinde, David Gonzáles, Frank Pacheco y Marlon Piedrahíta.

También le ocurrió una enfermedad al capitán del equipo René Rosero que no pudo estar en los partidos siguientes, luego y sin dichos jugadores ganaría por 2-1 en el Estadio Libertad frente a Once Caldas ganando así los primeros 3 puntos en el cuadrangular, después visitó a Millonarios en Bogotá donde perdió por 2-0 luego se volverían a ver las caras pero en el Estadio Libertad esta vez Deportivo Pasto se impuso a Millonarios por marcador de 4-1 pero quedó eliminado de poder jugar la final ya que Deportivo Cali ganó su partido haciendo campaña perfecta 12 de 12 y se clasificó a la final anticipadamente del grupo, después visitaría al Once Caldas donde perdería 3-1, luego en el Estadio Libertad recibiría al Deportivo Cali donde ganó 3-2 terminando así 6 en la reclasificación con 69 puntos.

[104]​ En su reemplazo, llegó el entrenador Jorge Luis Bernal al plantel, durante la primera mitad del año 2014.

[105]​ Sin embargo, los resultados no fueron esperados y el club terminó en un dudoso 14.º puesto en la tabla general, rompiendo una racha de clasificarse en los octavos, algo que no sucedía desde el 2011 y obligando la renuncia del entrernador.

Pero fue un revés, cuando la campaña comenzó tan terrible obteniendo apenas dos victorias y la mayoría de derrotas consecutivas, obligando a la renuncia del entrenador.

También llegaron al equipo jugadores como: Jonathan Ávila, José David Leudo, Yuber Asprilla, Darío Bustos, Álex Díaz, Francisco Córdoba, Rodrigo Soria, Giovanny Martínez, Claudio Rivero, Jeysen Núñez y Wilson Mena a ellos se le unieron los jugadores: Jorge Iván Soto, Omar Mancilla, camilo Ceballos, Bréiner Belalcázar, Jonathan Gómez y Marlon Fernández.

Luego del terrible primer semestre se vendría la desbandada tras la salida de Guillermo Berrio por fuertes acusaciones que se dirigían hacia el dirigente Oscar Casabon; con el salieron jugadores como Nelson Ramos, Harold Gómez, Brayan Angulo, Harold Reina, las renuncias de los jugadores Bréiner Belalcázar y Cleider Alzáte, entre otros.

Llegó al banquillo José Fernando Santa y con el llegaron jugadores como Jonathan Deniz, Christian Rivera, Yesus Cabrera, Juan Gilberto Núñez, Alveiro Sánchez y la llegada del jugador Johan Arango devolvió la esperanza de tener un equipo competitivo pero comenzaría con el pie izquierdo tras caer derrotado en casa 2 a 1 frente al Once Caldas, calmaría los ánimos tras ganarle al Boyacá Chicó de visitante pero volvería a caer tras jugar 4 partidos y solo obtener 3 puntos, volvió a mostrar buen fútbol para la fecha 8 en el cual logró ganar a Cortuluá con un gol solitario.

Pero volvió caer esta vez a mano de La Equidad con un contundente 4 a 0, para la fecha 9 y 10 ilusionó a los hinchas tras ganarle al Atlético Huila por 2 a 0 y al Once Caldas de visitante 2 a 3 pero al pasar 8 fechas en las cual sería vital ganar el equipo cayo en una racha de derrotas y empates en los cuales obtuvo 2 puntos 24; Con esta mala racha el equipo quedó muy comprometido en la tabla del descenso ya que Boyacá Chicó había ganado partidos importantes, así que los hinchas y comunidad en general le pidieron al gobernador que interfiera para que el equipo no caiga al sótano del descenso, lo cual el gobernador aceptó y se dirigió hacia las oficinas del equipo, tras una larga charla el gobernador se comprometió ayudar al equipo y le pidió a las barras e hinchas en general a que acompañen al equipo en el último juego del equipo en donde se enfrentaría al ya descendido Fortaleza por la fecha 19; Por ciertos motivos se le pidió a la Dimayor que los partidos Deportivo Pasto vs Fortaleza e Independiente Medellín vs Boyacá Chicó, se jugarán a la misma hora para que los equipos no jueguen ya con los resultados.