Ese club con el nombre de Club Deportivo San Miguel ganó el subcampeonato por Tercera división por San José en 1976, pues jugó una triangular ante Cristo Rey la A.D.

En 1980 comienza la lucha por mantenerse en la primera y se codea con los grandes del campeonato nacional.

Todavía haciendo un gran esfuerzo, jugó el campeonato de 1981, ocupa el último lugar y se va al descenso.

San Miguel lucha arduamente por mantenerse en la Segunda División.

En el año 1996 el equipo oficialmente desaparece al cambiar su nombre por el de Municipal Goicoechea, así como su emblema y colores mientras era un equipo de la Segunda División de Costa Rica, aunque su historia se relaciona con este equipo.