Durante ese tiempo, el Ejército Croata (HV, del croata: Hrvatska vojska) atacó desde el oeste e hizo retroceder al JNA y al VRS de las áreas al oeste de Dubrovnik, tanto en Croacia como en Bosnia y Herzegovina, y para finales de mayo dispusieron tropas para defender la ciudad.

Los enfrentamientos entre el HV y las tropas yugoslavas al este de Dubrovnik murieron gradualmente.

A finales de 1992, cuando toda la región había sido recapturada por la HV en la Operación Tigre y la Batalla de Konavle, 417 combatientes del HV habían sido asesinados.

El Tribunal Penal Internacional para la ex Yugoslavia (TPIY) condenó a tres oficiales del JNA o de la Armada Yugoslava y entregó un cuarto sospechoso a Serbia para su enjuiciamiento.

Por noviembre de 1993, al menos 400 personas de etnia croata se mantuvieron en una zona protegida por las Naciones Unidas (ONU), conocida como Sector Sur,[8]​ y otros 1500 a 2000 se mantuvieron en el Sector Norte.

El primer ministro de Montenegro Milo Đukanović declaró que las fronteras croatas necesitaban ser revisadas, atribuyendo la línea fronteriza existente a la "poca educación de los cartógrafos bolchaviques".

[19]​ En julio de 1991, el funcionero serbio de alto rango Mihalj Kertes dijo en un mitin político en Nikšić que un estado serbio debía establecerse al oeste de Montenegro, que se extiendiera hasta el río Neretva, y que Dubrovnik -rebautizado como Nikšić-at-Sea- fuera su capital.

La única unidad militar regular era la del Fuerte Imperial, un pelotón armado con armas de infantería ligera que estaba estacionado desde la época napoleónica en la cima de la montaña Srđ, con vista hacia Dubrovnik.

Tres días más tarde, Serbia se distanció públicamente de la medida, culpando a Croacia por provocar al JNA.

Al día siguiente, un alto el fuego fue acordado, pero fue violado tan pronto como entró en vigor.

El avance del JNA desplazó a unos 15 000 refugiados procedentes de las zonas que capturó.

En noviembre, Dubrovnik comenzó a recibir las mayores entregas de ayuda humanitaria desde el comienzo del sitio.

Más tarde ese mismo día, el JNA emitió una declaración de arrepentimiento y prometió una investigación.

El conflicto sucedió entonces en gran medida en las posiciones atrincheradas y el JNA pronto se retiró de Croacia hacia Bosnia y Herzegovina, en donde se preveía un nuevo conflicto.

Después de que el JNA quedara desacoplado en Croacia, su personal se dispuso a crear un nuevo ejército serbobosnio, más tarde llamado el Ejército de la República Srpska (VRS).

El referéndum sería posteriormente citado como un pretexto para la guerra de Bosnia, que había comenzado el 4 de abril cuando la artillería del VRS comenzó a bombardear Sarajevo.

El HV varias veces fue desplegado en Bosnia y Herzegovina para apoyar al HVO.

El 4.º Distrito Militar cuarto del JNA, comandado por Strugar, fue dirigida a capturar Stolac y la mayor parte de la orilla oriental del río Neretva al sur de Mostar.

Croacia vio los movimientos del Ejército Nacional Yugoslavo como preludio a los ataques contra el sur de Croacia encaminadas específicamente en el puerto de Ploče y posiblemente Split.

Para contrarrestar la amenaza, la HV nombró al general Janko Bobetko para comandar el Frente Sur, que comprendía las áreas de Herzegovina y Dubrovnik.

Además, las tropas del JNA saquearon museos, empresas y domicilios particulares.

Es probable, sin embargo, que las propiedades saqueadas terminaran en viviendas particulares o se vendiera en el mercado negro.

El gesto fue bien recibido en Croacia, pero fue condenado por los opositores políticos de Đukanović en Montenegro y por las autoridades serbias.

En 2012, Aleksandar Črček y Marin Marušić produjeron un documental titulado Konvoj Libertas (Convoy Libertas), y trata sobre la entrega de ayuda humanitaria a Dubrovnik a través del bloqueo naval.

Jokić dijo que la ofensiva solo fue dirigida al bloqueo de Dubrovnik, pero esa afirmación fue posteriormente refutada por Cokić.

A Strugar se le concedió una libertad anticipada en el 2009, siete años y cuatro meses después de su traslado al TPIY.

Los cargos en su contra incluyen asesinato, tratos crueles, y la devastación que no exige una necesidad militar o violar las leyes de la guerra.

Jokić confirmó que él recibió órdenes de Strugar y Vučurević.

En 2009, las autoridades croatas presentaron cargos contra diez oficiales del JNA, incluyendo en ellos a Cokić, Ružinovski, Strugar, Jokić, Zec y Kovačević.

Las acusaciones fueron hechas después de que fueron suministrados los documentos del TPIY recogidos durante la investigación.