Se educó en Downing College, Cambridge; trabajó en la Rothamsted Experimental Station como fisiólogo de 1828 a 1930, y luego tomó un puesto de enseñanza en el Departamento de Botánica de la Oxford University.
Fue Profesor de Botánica en la Universidad de Sheffield de 1844 a 1969.
Fue coautor de Flora of the British Isles, que se publicó en 1952, siguiéndole dos ediciones en 1963 y en 1987.
En respuesta a un requerimiento de Arthur Tansley, acuñó el término ecosistema en 1930.
[1] Clapham fue presidente de la Sociedad Linneana de Londres de 1967 a 1970, recibiendo la Medalla linneana en 1972.