Este tramo es el más espectacular pues el río se encañona entre paredones de antiguas calizas, con cavidades en las que habitan algunas especies de murciélagos y, por otra parte, salvo en épocas de lluvias y gran caudal, se produce la desaparición paulatina de sus aguas, que se filtran en el subsuelo reapareciendo unos kilómetros más abajo en una poza.

A partir de la Pasada de Algeciras el terreno vuelve a ser más abierto y el río comienza a discurrir por tierras cada vez más propias para actividades agrarias y ganaderas hasta acabar haciéndolo por tierras de labor.

Entre la vegetación asociada al cauce Guadalora, merecen especial mención las alisedas con adelfas, por ser el límite más meridional de esta conmunidad en la península ibérica, lo que unido a su escasez en el parque natural Sierra de Hornachuelos, las convierte en auténticas reliquias.

A partir del cerro Manzorro, la vegetación de ribera alcanza su máximo esplendor y junto a los alisos pueden encontrarse fresnos, chopos, e incluso ailantos, especie foránea que ha proliferado rápidamente.

También pueden encontrarse especies trepadoras: hiedra, parra silvestre, zarzaparrilla, rosales y clemátides o numerosos helechos.