El arroyo Alamar forma parte de la cuenca del río Tijuana, el cual desemboca al océano Pacífico en Imperial Beach, en el condado de San Diego, California.
La cuenca del río Tijuana está comprendida en el condado de San Diego y los municipios de Tijuana, Playas de Rosarito y Tecate, en Baja California, lo que la convierte en una cuenca hidrográfica binacional, con la porción mayoritaria (70 por ciento) en Baja California y el resto en California (Comisión Nacional del Agua, 1994).
El estudio hidrológico de avenidas comprende el análisis del Arroyo Cottonwood (cauce principal) y sus tributarios de consideración: Kitchen, La Posta, Morena, Pine Valley, Potrero y Campo- Tecate, entre otros.
Aguas abajo, en la ciudad de Tijuana, el arroyo Alamar se une con el río Tijuana propiamente dicho, el que luego cruza la frontera y desemboca al océano en Imperial Beach.
Al este de Tijuana, en la zona conocida como Cañón del Padre, existen humedales que se han visto amenazados por la urbanización, construcción de vialidades y fraccionamientos.