Otras corporaciones aprenden del proyecto y rápidamente siguen a Zio Matrix, trayendo con ellos el entorno competitivo que existe en la Tierra.

Cuando la guerra de las tres compañías viene a un final, el más poderoso, Matriz de Zio, intenta un golpe contra el gobierno, que ha recobrado el control por este equipo mercenario de elite, The Frighteners, conducido por Leos Klein.

Pero en el caos que sigue, los Frightners encienden el gobierno, asesinando el nuevo líder del LLC, y tomando control de tecnología de Desorden poderosa.

Entre las cenizas y las ruinas de la guerra, usted debe salvar a la gente que vive en Marte — o posiblemente morir intentando..

Similar al primer juego, el jugador comienza con AC básico y es esperado completar una misión de proceso que consiste en destruir varios MTs.