La armada está subordinada al comando regional de Latakia del Ejército de Siria, y su flota está ubicada en los puertos de Baniyas, Latakia, Minat al Bayda y Tartús.

El personal inicial de la Armada consistió en soldados del ejército que habían sido enviados a academias navales francesas para su entrenamiento.

Como resultado, la Armada de Siria se mantuvo en puerto por el resto del conflicto.

La base funcionó durante la Guerra Fría para apoyar a la flota soviética en el Mar Mediterráneo.

[4]​ Desde 2009, Rusia ha estado remodelando la base naval de Tartus y excavando en el puerto para permitir acceso a sus barcos navales más grandes.