[1]​ El juego nos sitúa en Área 51 y nos otorga el papel de Ethan Cole, un especialista del grupo HAZMAT (del inglés HAZardous MATerials, "materiales peligrosos") del ejército estadounidense, enviado a la zona para investigar unos extraños sucesos.

Sucede que el Área 51 está bajo cuarentena por la expansión de un extraño virus alienígena que infecta y muta a los humanos, dejándolos totalmente carentes de voluntad.

Al comienzo del juego se devela que el recinto se encuentra edificado sobre una colonia alienígena, lo cual nos pondrá en estado de alerta máximo por lo que pueda pasar más adelante con un equipo alfa hasta la cuarta parte.

El devenir de la historia nos llevará a tener que recorrer la inmensa base para evitar la expansión al resto del mundo del virus, en este periplo nos encontraremos con un panorama distinto a lo que esperábamos en un principio ya que los seres humanos mutados están combatiendo con los no mutados, convirtiendo toda el Área 51 en una gigantesca zona de batalla.

Por otra parte, la principal arma del protagonista será él mismo, pues con la mutación que sufre va ganando poderes, además de desarrollar armas naturales que surgen de su propio cuerpo, como por ejemplo un enjambre de parásitos que busca a los enemigos hasta darles muerte, o un poderoso ataque cuerpo a cuerpo que destroza los enemigos rápidamente.