En mayo de 1859 sufrió una crisis nerviosa, y entró en una institución como paciente privado.
Sin embargo, su condición ya estaba deteriorada, y no dio continuidad a estudios serios.
Couper estaba abierto a la idea de que el carbono es divalente; Kekulé no.
Couper proporcionó diversas fórmulas mejor resueltas en su reporte que Kekulé, y en dos casos llegó a sugerir fórmulas cíclicas (hetero), lo que podría haber influido la sugerencia posterior de Kekulé sobre el anillo de benceno.
En este sentido, su obra fue probablemente influyente en los primeros teóricos estructuralistas, Aleksandr Mijáilovich Butlerov y Alexander Crum Brown.