En 1784 se casó con Dorothea, la hija menor del Profesor Gregory de Edimburgo.
Durante 34 años ocupó dicho cargo con gran habilidad; sus sermones se caracterizaban por una belleza serena de pensamiento y gracia de composición.
Sus sermones tenían tanto éxito y atraían tanto público que fue preciso construir una iglesia más grande en las cercanías para él.
Sus restos fueron sepultados en el camposanto episcopal de San Juan en Edimburgo.
Además de publicar Life of Lord Woodhouselee, Alison escribió un libro con sermones, del cual hubo varias ediciones, y una obra titulada Essays on the Nature and Principles of Taste (1790) ("Ensayos sobre la Naturaleza y Principios del gusto"), basado en el principio de "asociación".