Como era común para los maestros hispanoamericanos de su época, Durán produjo música en latín (se conservan salmos y lamentaciones) y villancicos, obras religiosas en castellano que con frecuencia contienen elementos populares españoles.
Figuran allí obras policorales (sobre todo a siete voces), así como solos, dúos y cuartetos.
Se destacan tres villancicos escritos sobre letras de Sor Juana Inés de la Cruz: "Dios y Joseph apuestan", "Fuego, fuego que el templo se abrasa" y "Queditito airecillos".
Una de sus composiciones más conocidas es un Laudate Pueri a cuatro voces, conservado en Cusco.
Esta obra demuestra el peculiar interés del compositor en las texturas contrapuntísticas e intrincadas, así como su depurada y completa técnica de composición.