Más tarde formó parte de la Izquierda comunista germano-holandesa.

[1]​ Al finalizar la Primera Guerra Mundial, a la que se opuso, el Partido se escindio entre gradualistas y revolucionarios lo que le llevó a fundar el Partido Comunista Neerlandés en 1919, junto a David Wijnkopf, Herman Gorter y Henriette Roland-Holst.

Basando su teoría en lo que él consideraba las lecciones prácticas de la Revolución Rusa de 1917, Pannekoek sostenía que la revolución proletaria y la transición del capitalismo al comunismo debían ser realizadas por los propios proletarios, organizados democráticamente en consejos obreros.

Durante los primeros años de la revolución rusa, Pannekoek dio un apoyo crítico a los bolcheviques, una posición compartida por su colega Herman Gorter.

Expresó dudas sobre las tendencias autoritarias del leninismo, temiendo por el carácter socialista de la Revolución rusa a menos que ésta encontrase un apoyo rectificador en una revolución proletaria en Occidente.

Por estos estudios, se lo considera como fundador de la astrofísica como disciplina separada en los Países Bajos.