Formó parte de la Comisión Europea bajo la presidencia de Jacques Delors.

Tras la incorporación de Portugal a la Unión Europea en 1986, Cardoso e Cunha se convirtió en Comisario de Pesca y Asuntos Marítimos.

En 1989 pasó a ocuparse de la Comisaría de Energía, empresas, industrias, administración, auditoría y lucha antifraude.

En 1992 abandonó la Comisión, convirtiéndose así João de Deus Pinheiro en el Comisario portugués.

Recibió la Orden Militar de Cristo en 1998.