Fue cuando esta última fue tomada por las tropas otomanas dirigidas por Mehmed II que Giovanni Lomellino era podestà.
Mehmed II estaba particularmente irritado por este gesto y recordó que podría considerar como enemigos a los habitantes de Pera ya que habían participado en la defensa de Constantinopla.
En esta fecha, parece que Lomellino dejó su puesto de podestà.
Según sus escritos, renunció por su cuenta, sin embargo, Laónico Calcocondilas afirma que el sultán envió a un gobernador para reemplazar al podestà desde el 29 de mayo.
Este último todavía permanecía en Pera, que se había convertido en una simple ciudad otomana, hasta su regreso a Génova en septiembre de 1453.