Tras once años en el club, la temporada 2006-07 fue cedido al Girona FC,[2]​ inicialmente para jugar en el juvenil, aunque su rápida progresión le llevó a debutar con el primer equipo, en Tercera División en el tramo final de esa temporada.

Durante la temporada 2008-09 dio el saltó al Barcelona Atlètic, en Segunda División B.

[5]​ El verano de 2009 realizó la pretemporada con el primer equipo azulgrana, jugando varios partidos amistosos.

[6]​ Fue también convocado para disputar la Supercopa de España ante el Athletic Club, aunque se quedó en el banquillo, y la Supercopa de Europa ante el FC Shakhtar, aunque en este partido fue finalmente descartado.

Fontàs saltó al terreno de juego en el minuto 84, reemplazando a Gerard Piqué.

En su primera temporada en el club celtiña se convierte en un fijo en la zaga bajo las órdenes de Luis Enrique Martínez quien fue el que recomendó su fichaje.